Changes

              
    

          
          
        
        

            
f
1
{
f
1
{
            
2
  "author": "Ding Su",
2
  "author": "Ding Su",
            
3
  "author_email": "",
3
  "author_email": "",
            
4
  "creator_user_id": "17755db4-395a-4b3b-ac09-e8e3484ca700",
4
  "creator_user_id": "17755db4-395a-4b3b-ac09-e8e3484ca700",
            
5
  "doi": "10.1594/PANGAEA.910617",
5
  "doi": "10.1594/PANGAEA.910617",
            
6
  "doi_date_published": "2020",
6
  "doi_date_published": "2020",
            
7
  "doi_publisher": "",
7
  "doi_publisher": "",
            
8
  "doi_status": "True",
8
  "doi_status": "True",
            
9
  "extra_authors": [
9
  "extra_authors": [
            
10
    {
10
    {
            
11
      "extra_author": "Lange Markus",
11
      "extra_author": "Lange Markus",
            
12
      "orcid": "0000-0002-2802-9177"
12
      "orcid": "0000-0002-2802-9177"
            
13
    },
13
    },
            
14
    {
14
    {
            
15
      "extra_author": "Lipp Julius S",
15
      "extra_author": "Lipp Julius S",
            
16
      "orcid": ""
16
      "orcid": ""
            
17
    },
17
    },
            
18
    {
18
    {
            
19
      "extra_author": "Schwab Val\u00e9rie F",
19
      "extra_author": "Schwab Val\u00e9rie F",
            
20
      "orcid": ""
20
      "orcid": ""
            
21
    },
21
    },
            
22
    {
22
    {
            
23
      "extra_author": "Chowdhury Somak",
23
      "extra_author": "Chowdhury Somak",
            
24
      "orcid": ""
24
      "orcid": ""
            
25
    },
25
    },
            
26
    {
26
    {
            
27
      "extra_author": "Pollierer Melanie M",
27
      "extra_author": "Pollierer Melanie M",
            
28
      "orcid": ""
28
      "orcid": ""
            
29
    },
29
    },
            
30
    {
30
    {
            
31
      "extra_author": "Krause Katrin",
31
      "extra_author": "Krause Katrin",
            
32
      "orcid": ""
32
      "orcid": ""
            
33
    },
33
    },
            
34
    {
34
    {
            
35
      "extra_author": "Li Dapeng",
35
      "extra_author": "Li Dapeng",
            
36
      "orcid": ""
36
      "orcid": ""
            
37
    },
37
    },
            
38
    {
38
    {
            
39
      "extra_author": "Kothe Erika",
39
      "extra_author": "Kothe Erika",
            
40
      "orcid": ""
40
      "orcid": ""
            
41
    },
41
    },
            
42
    {
42
    {
            
43
      "extra_author": "Scheu Stefan",
43
      "extra_author": "Scheu Stefan",
            
44
      "orcid": "0000-0003-4350-9520"
44
      "orcid": "0000-0003-4350-9520"
            
45
    },
45
    },
            
46
    {
46
    {
            
47
      "extra_author": "Welti Ruth",
47
      "extra_author": "Welti Ruth",
            
n
48
      "orcid": ""
n
48
      "orcid": "0000-0003-4373-2538"
            
49
    },
49
    },
            
50
    {
50
    {
            
51
      "extra_author": "Hinrichs Kai-Uwe",
51
      "extra_author": "Hinrichs Kai-Uwe",
            
52
      "orcid": "0000-0002-0739-9291"
52
      "orcid": "0000-0002-0739-9291"
            
53
    },
53
    },
            
54
    {
54
    {
            
55
      "extra_author": "Gleixner Gerd",
55
      "extra_author": "Gleixner Gerd",
            
56
      "orcid": "0000-0002-4616-0953"
56
      "orcid": "0000-0002-4616-0953"
            
57
    }
57
    }
            
58
  ],
58
  ],
            
59
  "groups": [],
59
  "groups": [],
            
60
  "id": "e734ab2f-e0b0-4f64-96fd-6d181687a3d1",
60
  "id": "e734ab2f-e0b0-4f64-96fd-6d181687a3d1",
            
61
  "isopen": false,
61
  "isopen": false,
            
62
  "license_id": "CC-BY-4.0",
62
  "license_id": "CC-BY-4.0",
            
63
  "license_title": "CC-BY-4.0",
63
  "license_title": "CC-BY-4.0",
            
64
  "metadata_created": "2023-01-12T13:31:17.600450",
64
  "metadata_created": "2023-01-12T13:31:17.600450",
            
t
65
  "metadata_modified": "2023-01-12T13:31:17.600455",
t
65
  "metadata_modified": "2023-05-02T07:15:03.525255",
            
66
  "name": "png-doi-10-1594-pangaea-910617",
66
  "name": "png-doi-10-1594-pangaea-910617",
            
67
  "notes": "Soil and root samples were taken at the Jena Experiment, a 
67
  "notes": "Soil and root samples were taken at the Jena Experiment, a 
            
68
large grassland biodiversity experiment located in the Saale valley 
68
large grassland biodiversity experiment located in the Saale valley 
            
69
near Jena (east Thuringia, Germany, 50\u00b055'N, 11\u00b035'E, 130 m 
69
near Jena (east Thuringia, Germany, 50\u00b055'N, 11\u00b035'E, 130 m 
            
70
above sea level). In 2002, the experiment was established with a total 
70
above sea level). In 2002, the experiment was established with a total 
            
71
number of 81 grassland plots of 20 \u00d7 20 m (Roscher et al., 2004). 
71
number of 81 grassland plots of 20 \u00d7 20 m (Roscher et al., 2004). 
            
72
The soil type is Eutric Fluvisol and the soil texture changes from 
72
The soil type is Eutric Fluvisol and the soil texture changes from 
            
73
sandy loam to silty clay with increasing distance to the Saale river 
73
sandy loam to silty clay with increasing distance to the Saale river 
            
74
(FAO-Unesco, 1997; Fischer et al., 2014). In June 2016, three surface 
74
(FAO-Unesco, 1997; Fischer et al., 2014). In June 2016, three surface 
            
75
soil samples (0-10 cm) from each plot were collected, combined to 
75
soil samples (0-10 cm) from each plot were collected, combined to 
            
76
reduce the spatial heterogeneity, and homogenized. The soil samples 
76
reduce the spatial heterogeneity, and homogenized. The soil samples 
            
77
were sieved (2 mm mesh size). Fine roots (if present) were picked 
77
were sieved (2 mm mesh size). Fine roots (if present) were picked 
            
78
using steel tweezers and stored at \u221220 \u2103. The root samples 
78
using steel tweezers and stored at \u221220 \u2103. The root samples 
            
79
were taken separately from six plots with different combinations of 
79
were taken separately from six plots with different combinations of 
            
80
four functional groups (grass, legume, tall herb, small herb; Table 
80
four functional groups (grass, legume, tall herb, small herb; Table 
            
81
S1). The roots were washed, freeze-dried and frozen. All fungal 
81
S1). The roots were washed, freeze-dried and frozen. All fungal 
            
82
strains used originate from Jena Microbial Resource Collection (JRMC), 
82
strains used originate from Jena Microbial Resource Collection (JRMC), 
            
83
University of Jena and HKI, Germany. The saprotrophic fungi 
83
University of Jena and HKI, Germany. The saprotrophic fungi 
            
84
Schizophyllum commune FSU:3214xFSU:2896 and Mucor plumbeus 
84
Schizophyllum commune FSU:3214xFSU:2896 and Mucor plumbeus 
            
85
JMRC:SF:013709 were cultivated in Petri dishes on solid complex yeast 
85
JMRC:SF:013709 were cultivated in Petri dishes on solid complex yeast 
            
86
medium (CYM; Schwalb and Miles, 1967) and the mycorrhizal fungi 
86
medium (CYM; Schwalb and Miles, 1967) and the mycorrhizal fungi 
            
87
Tricholoma vaccinum JMRC:FSU:4731 and Pisolithus tinctorius FSU:10019 
87
Tricholoma vaccinum JMRC:FSU:4731 and Pisolithus tinctorius FSU:10019 
            
88
on modified Melin Norkrans b (MMNb) medium (Kottke et al., 1987) at 
88
on modified Melin Norkrans b (MMNb) medium (Kottke et al., 1987) at 
            
89
room temperature for 2 and 5 days for the fast growing M. plumbeus and 
89
room temperature for 2 and 5 days for the fast growing M. plumbeus and 
            
90
S. commune and 2 and 3 weeks for the slow growing P. tinctorius and T. 
90
S. commune and 2 and 3 weeks for the slow growing P. tinctorius and T. 
            
91
vaccinum (Table S1).\nFurther six bacterial strains were chosen for 
91
vaccinum (Table S1).\nFurther six bacterial strains were chosen for 
            
92
this study: Streptomyces acidiscabies E13 (JMRC:ST:033552 from JRMC), 
92
this study: Streptomyces acidiscabies E13 (JMRC:ST:033552 from JRMC), 
            
93
Streptomyces mirabilis P16B-1 (Schmidt et al., 2009), Bacillus 
93
Streptomyces mirabilis P16B-1 (Schmidt et al., 2009), Bacillus 
            
94
subtilis DSM-10, Agrobacterium tumefaciens DSM-30150, Pseudomonas 
94
subtilis DSM-10, Agrobacterium tumefaciens DSM-30150, Pseudomonas 
            
95
fluorescens DSM-50090 (DSMZ, Braunschweig, Germany), and Acetobacter 
95
fluorescens DSM-50090 (DSMZ, Braunschweig, Germany), and Acetobacter 
            
96
xylinum NQ5 (ATCC 53582; ATCC, USA European Office at Wesel, Germany). 
96
xylinum NQ5 (ATCC 53582; ATCC, USA European Office at Wesel, Germany). 
            
97
The strains were cultivated for 2 to 5 days in Petri dishes on minimal 
97
The strains were cultivated for 2 to 5 days in Petri dishes on minimal 
            
98
medium (MM; Schmidt et al. 2009) at 28 \u00b0C.\nThe collembolans 
98
medium (MM; Schmidt et al. 2009) at 28 \u00b0C.\nThe collembolans 
            
99
species Heteromurus nitidus (Templeton, 1835) and Folsomia candida 
99
species Heteromurus nitidus (Templeton, 1835) and Folsomia candida 
            
100
Willem, 1902 were taken from laboratory cultures fed with baker's 
100
Willem, 1902 were taken from laboratory cultures fed with baker's 
            
101
yeast (Saccharomyces cerevisiae; Table S1). Laboratory cultures were 
101
yeast (Saccharomyces cerevisiae; Table S1). Laboratory cultures were 
            
102
maintained in glass jars filled with moist potting soil at 15 \u00b0C 
102
maintained in glass jars filled with moist potting soil at 15 \u00b0C 
            
103
in darkness and kept moist with distilled water. Before analysis, 
103
in darkness and kept moist with distilled water. Before analysis, 
            
104
collembolans were starved for three days to empty their guts; 
104
collembolans were starved for three days to empty their guts; 
            
105
subsequently they were frozen and stored in methanol.\nPolysphondylium 
105
subsequently they were frozen and stored in methanol.\nPolysphondylium 
            
106
pallidum strain was from the Stallforth Lab at Leibniz Institute for 
106
pallidum strain was from the Stallforth Lab at Leibniz Institute for 
            
107
Natural Product Research and Infection Biology in Jena (Germany). 
107
Natural Product Research and Infection Biology in Jena (Germany). 
            
108
Amoebae were cultured (xenically) in the presence of the bacterium 
108
Amoebae were cultured (xenically) in the presence of the bacterium 
            
109
Klebsiella aerogenes as food. Briefly, amoebal spore suspension (from 
109
Klebsiella aerogenes as food. Briefly, amoebal spore suspension (from 
            
110
previously collected sori) was added to the surface of SM/5 agar plate 
110
previously collected sori) was added to the surface of SM/5 agar plate 
            
111
seeded with 1 X 108 CFU/ml food bacterium K. aerogenes. Plates were 
111
seeded with 1 X 108 CFU/ml food bacterium K. aerogenes. Plates were 
            
112
incubated at 22\u00b0C for 7 to 10 days for mature fruiting bodies to 
112
incubated at 22\u00b0C for 7 to 10 days for mature fruiting bodies to 
            
113
appear. The entire cell mass of amoebal fruiting bodies was carefully 
113
appear. The entire cell mass of amoebal fruiting bodies was carefully 
            
114
collected using a sterile inoculation loop and suspended in KK2 
114
collected using a sterile inoculation loop and suspended in KK2 
            
115
buffer. This cell mass was washed clean of any attached bacteria using 
115
buffer. This cell mass was washed clean of any attached bacteria using 
            
116
the same buffer. Resulting amoebal cells were then subjected to 
116
the same buffer. Resulting amoebal cells were then subjected to 
            
117
further analysis.\nBefore analyses, roots, fungi, collembolans and 
117
further analysis.\nBefore analyses, roots, fungi, collembolans and 
            
118
amoebae were frozen in liquid nitrogen. They were ground into fine 
118
amoebae were frozen in liquid nitrogen. They were ground into fine 
            
119
powder and extracted using the same protocol as for the soil samples. 
119
powder and extracted using the same protocol as for the soil samples. 
            
120
Cultured bacteria were collected from Petri dish plates, weighed and 
120
Cultured bacteria were collected from Petri dish plates, weighed and 
            
121
extracted using the same protocol.",
121
extracted using the same protocol.",
            
122
  "num_resources": 0,
122
  "num_resources": 0,
            
123
  "num_tags": 0,
123
  "num_tags": 0,
            
124
  "orcid": "0000-0001-6213-3982",
124
  "orcid": "0000-0001-6213-3982",
            
125
  "organization": {
125
  "organization": {
            
126
    "approval_status": "approved",
126
    "approval_status": "approved",
            
127
    "created": "2023-01-12T13:31:15.534211",
127
    "created": "2023-01-12T13:31:15.534211",
            
128
    "description": "PANGEA (Data Publisher for Earth & Environmental 
128
    "description": "PANGEA (Data Publisher for Earth & Environmental 
            
129
Science): The information system PANGAEA is operated as an Open Access 
129
Science): The information system PANGAEA is operated as an Open Access 
            
130
library aimed at archiving, publishing and distributing georeferenced 
130
library aimed at archiving, publishing and distributing georeferenced 
            
131
data from earth system research. PANGAEA guarantees long-term 
131
data from earth system research. PANGAEA guarantees long-term 
            
132
availability (greater than 10 years) of its content. PANGAEA is open 
132
availability (greater than 10 years) of its content. PANGAEA is open 
            
133
to any project, institution, or individual scientist to use or to 
133
to any project, institution, or individual scientist to use or to 
            
134
archive and publish data. PANGAEA focuses on georeferenced 
134
archive and publish data. PANGAEA focuses on georeferenced 
            
135
observational data, experimental data, and models/simulations. 
135
observational data, experimental data, and models/simulations. 
            
136
Citability, comprehensive metadata descriptions, interoperability of 
136
Citability, comprehensive metadata descriptions, interoperability of 
            
137
data and metadata, a high degree of structural and semantic 
137
data and metadata, a high degree of structural and semantic 
            
138
harmonization of the data inventory as well as the commitment of the 
138
harmonization of the data inventory as well as the commitment of the 
            
139
hosting institutions ensures FAIRness of archived data.",
139
hosting institutions ensures FAIRness of archived data.",
            
140
    "id": "bde9e9b1-5746-46d6-809c-7515b699dbac",
140
    "id": "bde9e9b1-5746-46d6-809c-7515b699dbac",
            
141
    "image_url": "pangea-logo.png",
141
    "image_url": "pangea-logo.png",
            
142
    "is_organization": true,
142
    "is_organization": true,
            
143
    "name": "pangea",
143
    "name": "pangea",
            
144
    "state": "active",
144
    "state": "active",
            
145
    "title": "PANGEA (Agriculture)",
145
    "title": "PANGEA (Agriculture)",
            
146
    "type": "organization"
146
    "type": "organization"
            
147
  },
147
  },
            
148
  "owner_org": "bde9e9b1-5746-46d6-809c-7515b699dbac",
148
  "owner_org": "bde9e9b1-5746-46d6-809c-7515b699dbac",
            
149
  "private": false,
149
  "private": false,
            
150
  "publication_year": "2020",
150
  "publication_year": "2020",
            
151
  "relationships_as_object": [],
151
  "relationships_as_object": [],
            
152
  "relationships_as_subject": [],
152
  "relationships_as_subject": [],
            
153
  "repository_name": "PANGEA (Data Publisher for Earth & Environmental 
153
  "repository_name": "PANGEA (Data Publisher for Earth & Environmental 
            
154
Science)",
154
Science)",
            
155
  "resource_type": "application/zip - filename: Ding-etal_2020",
155
  "resource_type": "application/zip - filename: Ding-etal_2020",
            
156
  "resources": [],
156
  "resources": [],
            
157
  "source_metadata_created": "2020",
157
  "source_metadata_created": "2020",
            
158
  "source_metadata_modified": "",
158
  "source_metadata_modified": "",
            
159
  "state": "active",
159
  "state": "active",
            
160
  "subject_areas": [
160
  "subject_areas": [
            
161
    {
161
    {
            
162
      "subject_area_additional": "",
162
      "subject_area_additional": "",
            
163
      "subject_area_name": "Agriculture"
163
      "subject_area_name": "Agriculture"
            
164
    },
164
    },
            
165
    {
165
    {
            
166
      "subject_area_additional": "",
166
      "subject_area_additional": "",
            
167
      "subject_area_name": "Lithosphere"
167
      "subject_area_name": "Lithosphere"
            
168
    }
168
    }
            
169
  ],
169
  ],
            
170
  "tags": [],
170
  "tags": [],
            
171
  "title": "Characterization of intact polar lipids in soils for 
171
  "title": "Characterization of intact polar lipids in soils for 
            
172
assessing their origin",
172
assessing their origin",
            
173
  "type": "vdataset",
173
  "type": "vdataset",
            
174
  "url": "https://doi.org/10.1594/PANGAEA.910617"
174
  "url": "https://doi.org/10.1594/PANGAEA.910617"
            
175
}
175
}