Changes

              
    

          
          
        
        

            
f
1
{
f
1
{
            
2
  "author": "Moya, Aur\u00e9lie",
2
  "author": "Moya, Aur\u00e9lie",
            
3
  "author_email": "",
3
  "author_email": "",
            
4
  "citation": [],
4
  "citation": [],
            
5
  "creator_user_id": "17755db4-395a-4b3b-ac09-e8e3484ca700",
5
  "creator_user_id": "17755db4-395a-4b3b-ac09-e8e3484ca700",
            
6
  "doi": "10.1594/PANGAEA.831695",
6
  "doi": "10.1594/PANGAEA.831695",
            
7
  "doi_date_published": "2012",
7
  "doi_date_published": "2012",
            
8
  "doi_publisher": "",
8
  "doi_publisher": "",
            
9
  "doi_status": "True",
9
  "doi_status": "True",
            
10
  "extra_authors": [
10
  "extra_authors": [
            
11
    {
11
    {
            
12
      "extra_author": "Huisman, L",
12
      "extra_author": "Huisman, L",
            
13
      "familyName": "Huisman",
13
      "familyName": "Huisman",
            
14
      "givenName": "L",
14
      "givenName": "L",
            
15
      "orcid": ""
15
      "orcid": ""
            
16
    },
16
    },
            
17
    {
17
    {
            
18
      "extra_author": "Hayward, D C",
18
      "extra_author": "Hayward, D C",
            
19
      "familyName": "Hayward",
19
      "familyName": "Hayward",
            
20
      "givenName": "D C",
20
      "givenName": "D C",
            
21
      "orcid": "0000-0003-2937-2425"
21
      "orcid": "0000-0003-2937-2425"
            
22
    },
22
    },
            
23
    {
23
    {
            
24
      "extra_author": "Grasso, L C",
24
      "extra_author": "Grasso, L C",
            
25
      "familyName": "Grasso",
25
      "familyName": "Grasso",
            
26
      "givenName": "L C",
26
      "givenName": "L C",
            
27
      "orcid": "0000-0001-8897-8289"
27
      "orcid": "0000-0001-8897-8289"
            
28
    },
28
    },
            
29
    {
29
    {
            
30
      "extra_author": "Chua, C M",
30
      "extra_author": "Chua, C M",
            
31
      "familyName": "Chua",
31
      "familyName": "Chua",
            
32
      "givenName": "C M",
32
      "givenName": "C M",
            
33
      "orcid": "0000-0001-8669-0839"
33
      "orcid": "0000-0001-8669-0839"
            
34
    },
34
    },
            
35
    {
35
    {
            
36
      "extra_author": "Woo, H N",
36
      "extra_author": "Woo, H N",
            
37
      "familyName": "Woo",
37
      "familyName": "Woo",
            
38
      "givenName": "H N",
38
      "givenName": "H N",
            
39
      "orcid": ""
39
      "orcid": ""
            
40
    },
40
    },
            
41
    {
41
    {
            
42
      "extra_author": "Gattuso, Jean-Pierre",
42
      "extra_author": "Gattuso, Jean-Pierre",
            
43
      "familyName": "Gattuso",
43
      "familyName": "Gattuso",
            
44
      "givenName": "Jean-Pierre",
44
      "givenName": "Jean-Pierre",
            
45
      "orcid": "0000-0002-4533-4114"
45
      "orcid": "0000-0002-4533-4114"
            
46
    },
46
    },
            
47
    {
47
    {
            
48
      "extra_author": "For\u00eat, S",
48
      "extra_author": "For\u00eat, S",
            
49
      "familyName": "For\u00eat",
49
      "familyName": "For\u00eat",
            
50
      "givenName": "S",
50
      "givenName": "S",
            
51
      "orcid": ""
51
      "orcid": ""
            
52
    },
52
    },
            
53
    {
53
    {
            
54
      "extra_author": "Miller, David J",
54
      "extra_author": "Miller, David J",
            
55
      "familyName": "Miller",
55
      "familyName": "Miller",
            
56
      "givenName": "David J",
56
      "givenName": "David J",
            
57
      "orcid": "0000-0003-0291-9531"
57
      "orcid": "0000-0003-0291-9531"
            
58
    }
58
    }
            
59
  ],
59
  ],
            
60
  "familyName": "Moya",
60
  "familyName": "Moya",
            
61
  "givenName": "Aur\u00e9lie",
61
  "givenName": "Aur\u00e9lie",
            
62
  "groups": [],
62
  "groups": [],
            
63
  "id": "513fba66-1e03-4e89-a88b-a4189c1340ec",
63
  "id": "513fba66-1e03-4e89-a88b-a4189c1340ec",
            
64
  "isopen": false,
64
  "isopen": false,
            
65
  "license_id": "CC-BY-3.0",
65
  "license_id": "CC-BY-3.0",
            
66
  "license_title": "CC-BY-3.0",
66
  "license_title": "CC-BY-3.0",
            
67
  "metadata_created": "2024-11-29T11:34:57.973783",
67
  "metadata_created": "2024-11-29T11:34:57.973783",
            
n
68
  "metadata_modified": "2024-11-29T11:34:57.973789",
n
68
  "metadata_modified": "2024-11-30T10:41:18.630601",
            
69
  "name": "png-doi-10-1594-pangaea-831695",
69
  "name": "png-doi-10-1594-pangaea-831695",
            
70
  "notes": "The impact of ocean acidification (OA) on coral 
70
  "notes": "The impact of ocean acidification (OA) on coral 
            
71
calcification, a subject of intense current interest, is poorly 
71
calcification, a subject of intense current interest, is poorly 
            
72
understood in part because of the presence of symbionts in adult 
72
understood in part because of the presence of symbionts in adult 
            
73
corals. Early life history stages of Acropora spp. provide an 
73
corals. Early life history stages of Acropora spp. provide an 
            
74
opportunity to study the effects of elevated CO(2) on coral 
74
opportunity to study the effects of elevated CO(2) on coral 
            
75
calcification without the complication of symbiont metabolism. 
75
calcification without the complication of symbiont metabolism. 
            
76
Therefore, we used the Illumina RNAseq approach to study the effects 
76
Therefore, we used the Illumina RNAseq approach to study the effects 
            
77
of acute exposure to elevated CO(2) on gene expression in primary 
77
of acute exposure to elevated CO(2) on gene expression in primary 
            
78
polyps of Acropora millepora, using as reference a novel comprehensive 
78
polyps of Acropora millepora, using as reference a novel comprehensive 
            
79
transcriptome assembly developed for this study. Gene ontology 
79
transcriptome assembly developed for this study. Gene ontology 
            
80
analysis of this whole transcriptome data set indicated that CO(2) 
80
analysis of this whole transcriptome data set indicated that CO(2) 
            
81
-driven acidification strongly suppressed metabolism but enhanced 
81
-driven acidification strongly suppressed metabolism but enhanced 
            
82
extracellular organic matrix synthesis, whereas targeted analyses 
82
extracellular organic matrix synthesis, whereas targeted analyses 
            
83
revealed complex effects on genes implicated in calcification. 
83
revealed complex effects on genes implicated in calcification. 
            
84
Unexpectedly, expression of most ion transport proteins was 
84
Unexpectedly, expression of most ion transport proteins was 
            
85
unaffected, while many membrane-associated or secreted carbonic 
85
unaffected, while many membrane-associated or secreted carbonic 
            
86
anhydrases were expressed at lower levels. The most dramatic effect of 
86
anhydrases were expressed at lower levels. The most dramatic effect of 
            
87
CO(2) -driven acidification, however, was on genes encoding candidate 
87
CO(2) -driven acidification, however, was on genes encoding candidate 
            
88
and known components of the skeletal organic matrix that controls 
88
and known components of the skeletal organic matrix that controls 
            
89
CaCO(3) deposition. The skeletal organic matrix effects included 
89
CaCO(3) deposition. The skeletal organic matrix effects included 
            
90
elevated expression of adult-type galaxins and some secreted acidic 
90
elevated expression of adult-type galaxins and some secreted acidic 
            
91
proteins, but down-regulation of other galaxins, secreted acidic 
91
proteins, but down-regulation of other galaxins, secreted acidic 
            
92
proteins, SCRiPs and other coral-specific genes, suggesting 
92
proteins, SCRiPs and other coral-specific genes, suggesting 
            
93
specialized roles for the members of these protein families and 
93
specialized roles for the members of these protein families and 
            
94
complex impacts of OA on mineral deposition. This study is the first 
94
complex impacts of OA on mineral deposition. This study is the first 
            
95
exhaustive exploration of the transcriptomic response of a 
95
exhaustive exploration of the transcriptomic response of a 
            
96
scleractinian coral to acidification and provides an unbiased 
96
scleractinian coral to acidification and provides an unbiased 
            
97
perspective on its effects during the early stages of calcification.",
97
perspective on its effects during the early stages of calcification.",
            
98
  "num_resources": 0,
98
  "num_resources": 0,
            
n
99
  "num_tags": 12,
n
99
  "num_tags": 13,
            
100
  "orcid": "",
100
  "orcid": "",
            
101
  "organization": {
101
  "organization": {
            
102
    "approval_status": "approved",
102
    "approval_status": "approved",
            
n
103
    "created": "2024-11-29T11:32:00.143130",
n
103
    "created": "2024-11-30T10:25:26.439072",
            
104
    "description": "PANGAEA (Data Publisher for Earth & Environmental 
104
    "description": "PANGAEA (Data Publisher for Earth & Environmental 
            
105
Science): The information system PANGAEA is operated as an Open Access 
105
Science): The information system PANGAEA is operated as an Open Access 
            
106
library aimed at archiving, publishing and distributing georeferenced 
106
library aimed at archiving, publishing and distributing georeferenced 
            
107
data from earth system research. PANGAEA guarantees long-term 
107
data from earth system research. PANGAEA guarantees long-term 
            
108
availability (greater than 10 years) of its content. PANGAEA is open 
108
availability (greater than 10 years) of its content. PANGAEA is open 
            
109
to any project, institution, or individual scientist to use or to 
109
to any project, institution, or individual scientist to use or to 
            
110
archive and publish data. PANGAEA focuses on georeferenced 
110
archive and publish data. PANGAEA focuses on georeferenced 
            
111
observational data, experimental data, and models/simulations. 
111
observational data, experimental data, and models/simulations. 
            
112
Citability, comprehensive metadata descriptions, interoperability of 
112
Citability, comprehensive metadata descriptions, interoperability of 
            
113
data and metadata, a high degree of structural and semantic 
113
data and metadata, a high degree of structural and semantic 
            
114
harmonization of the data inventory as well as the commitment of the 
114
harmonization of the data inventory as well as the commitment of the 
            
115
hosting institutions ensures FAIRness of archived data.",
115
hosting institutions ensures FAIRness of archived data.",
            
n
116
    "id": "3226ef9c-20d1-43fd-ba8f-fa35c8c9fb5d",
n
116
    "id": "c2816fc6-b5ce-42c9-b5a4-11709b658b82",
            
117
    "image_url": "pangaea_topicbiosphere.png",
117
    "image_url": "pangaea_topicecology.png",
            
118
    "is_organization": true,
118
    "is_organization": true,
            
n
119
    "name": "pangaea_biosphere",
n
119
    "name": "pangaea_ecology",
            
120
    "state": "active",
120
    "state": "active",
            
n
121
    "title": "PANGAEA (Biosphere)",
n
121
    "title": "PANGAEA (Ecology)",
            
122
    "type": "organization"
122
    "type": "organization"
            
123
  },
123
  },
            
n
124
  "owner_org": "3226ef9c-20d1-43fd-ba8f-fa35c8c9fb5d",
n
124
  "owner_org": "c2816fc6-b5ce-42c9-b5a4-11709b658b82",
            
125
  "private": false,
125
  "private": false,
            
126
  "publication_year": "2012",
126
  "publication_year": "2012",
            
127
  "related_identifiers": [
127
  "related_identifiers": [
            
128
    {
128
    {
            
129
      "authors": "Moya Aur\u00e9lie,Huisman L,Ball E E,Hayward D 
129
      "authors": "Moya Aur\u00e9lie,Huisman L,Ball E E,Hayward D 
            
130
C,Grasso L C,Chua C M,Woo H N,Gattuso Jean-Pierre,For\u00eat S,Miller 
130
C,Grasso L C,Chua C M,Woo H N,Gattuso Jean-Pierre,For\u00eat S,Miller 
            
131
David J",
131
David J",
            
132
      "email_authors": 
132
      "email_authors": 
            
133
"aurelie.moya@jcu.edu.au,,,,,,,jean-pierre.gattuso@imev-mer.fr,,",
133
"aurelie.moya@jcu.edu.au,,,,,,,jean-pierre.gattuso@imev-mer.fr,,",
            
134
      "identifier": 
134
      "identifier": 
            
135
"https://doi.org/10.1111/j.1365-294X.2012.05554.x",
135
"https://doi.org/10.1111/j.1365-294X.2012.05554.x",
            
136
      "identifier_type": "DOI",
136
      "identifier_type": "DOI",
            
137
      "orcid_authors": 
137
      "orcid_authors": 
            
138
7-8289,0000-0001-8669-0839,,0000-0002-4533-4114,,0000-0003-0291-9531",
138
7-8289,0000-0001-8669-0839,,0000-0002-4533-4114,,0000-0003-0291-9531",
            
139
      "relation_type": "IsSupplementTo",
139
      "relation_type": "IsSupplementTo",
            
140
      "source": "Molecular Ecology",
140
      "source": "Molecular Ecology",
            
141
      "title": "Whole transcriptome analysis of the coral Acropora 
141
      "title": "Whole transcriptome analysis of the coral Acropora 
            
142
millepora reveals complex responses to CO2-driven acidification during 
142
millepora reveals complex responses to CO2-driven acidification during 
            
143
the initiation of calcification",
143
the initiation of calcification",
            
144
      "year": "2012"
144
      "year": "2012"
            
145
    },
145
    },
            
146
    {
146
    {
            
147
      "authors": "Lavigne H\u00e9lo\u00efse,Gattuso Jean-Pierre",
147
      "authors": "Lavigne H\u00e9lo\u00efse,Gattuso Jean-Pierre",
            
148
      "email_authors": 
148
      "email_authors": 
            
149
"hlavigne@naturalsciences.be,jean-pierre.gattuso@imev-mer.fr",
149
"hlavigne@naturalsciences.be,jean-pierre.gattuso@imev-mer.fr",
            
150
      "identifier": "https://cran.r-project.org/package=seacarb",
150
      "identifier": "https://cran.r-project.org/package=seacarb",
            
151
      "identifier_type": "DOI",
151
      "identifier_type": "DOI",
            
152
      "orcid_authors": ",0000-0002-4533-4114",
152
      "orcid_authors": ",0000-0002-4533-4114",
            
153
      "relation_type": "References",
153
      "relation_type": "References",
            
154
      "source": "",
154
      "source": "",
            
155
      "title": "seacarb: seawater carbonate chemistry with R. R 
155
      "title": "seacarb: seawater carbonate chemistry with R. R 
            
156
package version 2.4",
156
package version 2.4",
            
157
      "year": "2011"
157
      "year": "2011"
            
158
    }
158
    }
            
159
  ],
159
  ],
            
160
  "relationships_as_object": [],
160
  "relationships_as_object": [],
            
161
  "relationships_as_subject": [],
161
  "relationships_as_subject": [],
            
162
  "repository_name": "PANGAEA (Data Publisher for Earth & 
162
  "repository_name": "PANGAEA (Data Publisher for Earth & 
            
163
Environmental Science)",
163
Environmental Science)",
            
164
  "resource_type": "text/tab-separated-values - filename: Moya_2012",
164
  "resource_type": "text/tab-separated-values - filename: Moya_2012",
            
165
  "resources": [],
165
  "resources": [],
            
166
  "source_metadata_created": "2012",
166
  "source_metadata_created": "2012",
            
167
  "source_metadata_modified": "",
167
  "source_metadata_modified": "",
            
168
  "state": "active",
168
  "state": "active",
            
169
  "subject_areas": [
169
  "subject_areas": [
            
170
    {
170
    {
            
171
      "subject_area_additional": "",
171
      "subject_area_additional": "",
            
172
      "subject_area_name": "BiologicalClassification"
172
      "subject_area_name": "BiologicalClassification"
            
173
    },
173
    },
            
174
    {
174
    {
            
175
      "subject_area_additional": "",
175
      "subject_area_additional": "",
            
176
      "subject_area_name": "Biosphere"
176
      "subject_area_name": "Biosphere"
            
177
    },
177
    },
            
178
    {
178
    {
            
179
      "subject_area_additional": "",
179
      "subject_area_additional": "",
            
180
      "subject_area_name": "Chemistry"
180
      "subject_area_name": "Chemistry"
            
181
    },
181
    },
            
182
    {
182
    {
            
183
      "subject_area_additional": "",
183
      "subject_area_additional": "",
            
184
      "subject_area_name": "Ecology"
184
      "subject_area_name": "Ecology"
            
185
    }
185
    }
            
186
  ],
186
  ],
            
187
  "tags": [
187
  "tags": [
            
188
    {
188
    {
            
n
n
189
      "display_name": "1000 L or  1 m2",
            
190
      "id": "d920ecdb-c44e-43f2-bb4c-ffdc3a3c398c",
            
191
      "name": "1000 L or  1 m2",
            
192
      "state": "active",
            
193
      "vocabulary_id": null
            
194
    },
            
195
    {
            
189
      "display_name": "Acropora millepora",
196
      "display_name": "Acropora millepora",
            
190
      "id": "ad762cbe-e297-46ee-b902-d6bcc62f0e10",
197
      "id": "ad762cbe-e297-46ee-b902-d6bcc62f0e10",
            
191
      "name": "Acropora millepora",
198
      "name": "Acropora millepora",
            
192
      "state": "active",
199
      "state": "active",
            
193
      "vocabulary_id": null
200
      "vocabulary_id": null
            
194
    },
201
    },
            
195
    {
202
    {
            
196
      "display_name": "Animalia",
203
      "display_name": "Animalia",
            
197
      "id": "e645e194-a2f7-40f1-ae7c-c1496be6f6bf",
204
      "id": "e645e194-a2f7-40f1-ae7c-c1496be6f6bf",
            
198
      "name": "Animalia",
205
      "name": "Animalia",
            
199
      "state": "active",
206
      "state": "active",
            
200
      "vocabulary_id": null
207
      "vocabulary_id": null
            
201
    },
208
    },
            
202
    {
209
    {
            
203
      "display_name": "Benthic animals",
210
      "display_name": "Benthic animals",
            
204
      "id": "ba711ac9-d2d3-4cff-8023-8b85163344bb",
211
      "id": "ba711ac9-d2d3-4cff-8023-8b85163344bb",
            
205
      "name": "Benthic animals",
212
      "name": "Benthic animals",
            
206
      "state": "active",
213
      "state": "active",
            
207
      "vocabulary_id": null
214
      "vocabulary_id": null
            
208
    },
215
    },
            
209
    {
216
    {
            
210
      "display_name": "Benthos",
217
      "display_name": "Benthos",
            
211
      "id": "55bc70f2-ff73-4d9a-89f6-16358d0d9b87",
218
      "id": "55bc70f2-ff73-4d9a-89f6-16358d0d9b87",
            
212
      "name": "Benthos",
219
      "name": "Benthos",
            
213
      "state": "active",
220
      "state": "active",
            
214
      "vocabulary_id": null
221
      "vocabulary_id": null
            
215
    },
222
    },
            
216
    {
223
    {
            
217
      "display_name": "Cnidaria",
224
      "display_name": "Cnidaria",
            
218
      "id": "5c3a6df6-61df-4230-b9e3-7768cbada71d",
225
      "id": "5c3a6df6-61df-4230-b9e3-7768cbada71d",
            
219
      "name": "Cnidaria",
226
      "name": "Cnidaria",
            
220
      "state": "active",
227
      "state": "active",
            
221
      "vocabulary_id": null
228
      "vocabulary_id": null
            
222
    },
229
    },
            
223
    {
230
    {
            
224
      "display_name": "Coast and continental shelf",
231
      "display_name": "Coast and continental shelf",
            
225
      "id": "58eb1929-34b5-4fd9-ac44-824f0e51de40",
232
      "id": "58eb1929-34b5-4fd9-ac44-824f0e51de40",
            
226
      "name": "Coast and continental shelf",
233
      "name": "Coast and continental shelf",
            
227
      "state": "active",
234
      "state": "active",
            
228
      "vocabulary_id": null
235
      "vocabulary_id": null
            
229
    },
236
    },
            
230
    {
237
    {
            
t
231
      "display_name": "Containers and aquaria 20-1000 L or  1 m2",
t
238
      "display_name": "Containers and aquaria 20",
            
232
      "id": "a9d9036d-3fe8-4fb1-bcb9-07b8a3a3fe11",
239
      "id": "18d57eca-7aec-4d8a-9a57-92bf32a45d53",
            
233
      "name": "Containers and aquaria 20-1000 L or  1 m2",
240
      "name": "Containers and aquaria 20",
            
234
      "state": "active",
241
      "state": "active",
            
235
      "vocabulary_id": null
242
      "vocabulary_id": null
            
236
    },
243
    },
            
237
    {
244
    {
            
238
      "display_name": "Gene expression incl. proteomics",
245
      "display_name": "Gene expression incl. proteomics",
            
239
      "id": "a266e76f-1f2a-427a-97e6-8e248d591f17",
246
      "id": "a266e76f-1f2a-427a-97e6-8e248d591f17",
            
240
      "name": "Gene expression incl. proteomics",
247
      "name": "Gene expression incl. proteomics",
            
241
      "state": "active",
248
      "state": "active",
            
242
      "vocabulary_id": null
249
      "vocabulary_id": null
            
243
    },
250
    },
            
244
    {
251
    {
            
245
      "display_name": "Laboratory experiment",
252
      "display_name": "Laboratory experiment",
            
246
      "id": "c6c00754-c769-4932-a517-bff2c9512884",
253
      "id": "c6c00754-c769-4932-a517-bff2c9512884",
            
247
      "name": "Laboratory experiment",
254
      "name": "Laboratory experiment",
            
248
      "state": "active",
255
      "state": "active",
            
249
      "vocabulary_id": null
256
      "vocabulary_id": null
            
250
    },
257
    },
            
251
    {
258
    {
            
252
      "display_name": "Single species",
259
      "display_name": "Single species",
            
253
      "id": "88de69be-3bdd-4cf8-b6a1-386d72c5888d",
260
      "id": "88de69be-3bdd-4cf8-b6a1-386d72c5888d",
            
254
      "name": "Single species",
261
      "name": "Single species",
            
255
      "state": "active",
262
      "state": "active",
            
256
      "vocabulary_id": null
263
      "vocabulary_id": null
            
257
    },
264
    },
            
258
    {
265
    {
            
259
      "display_name": "South Pacific",
266
      "display_name": "South Pacific",
            
260
      "id": "d9590299-7cec-4210-a3e5-eff66f886e09",
267
      "id": "d9590299-7cec-4210-a3e5-eff66f886e09",
            
261
      "name": "South Pacific",
268
      "name": "South Pacific",
            
262
      "state": "active",
269
      "state": "active",
            
263
      "vocabulary_id": null
270
      "vocabulary_id": null
            
264
    },
271
    },
            
265
    {
272
    {
            
266
      "display_name": "Tropical",
273
      "display_name": "Tropical",
            
267
      "id": "db8bd80f-8578-455b-acc6-6adbeae406b8",
274
      "id": "db8bd80f-8578-455b-acc6-6adbeae406b8",
            
268
      "name": "Tropical",
275
      "name": "Tropical",
            
269
      "state": "active",
276
      "state": "active",
            
270
      "vocabulary_id": null
277
      "vocabulary_id": null
            
271
    }
278
    }
            
272
  ],
279
  ],
            
273
  "title": "Whole transcriptome analysis of the coral Acropora 
280
  "title": "Whole transcriptome analysis of the coral Acropora 
            
274
millepora reveals complex responses to CO2-driven acidification during 
281
millepora reveals complex responses to CO2-driven acidification during 
            
275
the initiation of calcification",
282
the initiation of calcification",
            
276
  "type": "vdataset",
283
  "type": "vdataset",
            
277
  "url": "https://doi.org/10.1594/PANGAEA.831695"
284
  "url": "https://doi.org/10.1594/PANGAEA.831695"
            
278
}
285
}