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  "notes": "Abstract: In dieser Arbeit werden zwei Aspekte der 
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18
dynamischen Natur von proteinen mit Hilfe von Enhanced Sampling 
18
dynamischen Natur von proteinen mit Hilfe von Enhanced Sampling 
            
19
Methoden untersucht. Zun\u00e4chst wurden 
19
Methoden untersucht. Zun\u00e4chst wurden 
            
20
Mikrosekunden-Molekulardynamiksimulationen von Harzianin HK VI (HZ) in 
20
Mikrosekunden-Molekulardynamiksimulationen von Harzianin HK VI (HZ) in 
            
21
Wechselwirkung mit einer Dimyristoylphosphatidylcholin-Doppelschicht 
21
Wechselwirkung mit einer Dimyristoylphosphatidylcholin-Doppelschicht 
            
22
unter der Bedingung eines niedrigen Peptid-zu-Lipid Verh\u00e4ltnisses 
22
unter der Bedingung eines niedrigen Peptid-zu-Lipid Verh\u00e4ltnisses 
            
23
durchgef\u00fchrt. Zwei Orientierungen des HZ-Molek\u00fcls in der 
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durchgef\u00fchrt. Zwei Orientierungen des HZ-Molek\u00fcls in der 
            
24
Doppelschicht wurden gefunden und charakterisiert. In der Ausrichtung 
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Doppelschicht wurden gefunden und charakterisiert. In der Ausrichtung 
            
25
senkrecht zur Doppelschicht-Oberfl\u00e4che induziert HZ eine lokale 
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senkrecht zur Doppelschicht-Oberfl\u00e4che induziert HZ eine lokale 
            
26
Ausd\u00fcnnung der Doppelschicht. Wird HZ parallel zu seiner 
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Ausd\u00fcnnung der Doppelschicht. Wird HZ parallel zu seiner 
            
27
Oberfl\u00e4che in die Doppelschicht eingesetzt, befindet es sich 
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Oberfl\u00e4che in die Doppelschicht eingesetzt, befindet es sich 
            
28
nahezu vollst\u00e4ndig im hydrophoben Bereich der 
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nahezu vollst\u00e4ndig im hydrophoben Bereich der 
            
29
Doppelschicht.\r\nEine ausgedehnte Sampling lieferte qualitative 
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Doppelschicht.\r\nEine ausgedehnte Sampling lieferte qualitative 
            
30
Ergebnisse und zeigte, dass die letztgenannte Orientierung ein 
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Ergebnisse und zeigte, dass die letztgenannte Orientierung ein 
            
31
globales Minimum der freien Energie ist. Die sekund\u00e4re Struktur 
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globales Minimum der freien Energie ist. Die sekund\u00e4re Struktur 
            
32
von HZ wurde charakterisiert, und es wurde festgestellt, dass sie sich 
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von HZ wurde charakterisiert, und es wurde festgestellt, dass sie sich 
            
33
in der 3_10-helikalen Familie befindet.\r\nZweitens wurde die 
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in der 3_10-helikalen Familie befindet.\r\nZweitens wurde die 
            
34
Thiol-Disulfid-Austauschreaktion in Modellsystemen und kleinen 
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Thiol-Disulfid-Austauschreaktion in Modellsystemen und kleinen 
            
35
Peptiden mit Hilfe eines kombinierten QM/MM-Metadynamikschemas 
35
Peptiden mit Hilfe eines kombinierten QM/MM-Metadynamikschemas 
            
36
untersucht. Die freien Energielandschaften dieser Systeme wurden 
36
untersucht. Die freien Energielandschaften dieser Systeme wurden 
            
37
generiert, und liefern die Strukturen von Reaktanden und Produkten mit 
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generiert, und liefern die Strukturen von Reaktanden und Produkten mit 
            
38
atomaren Details, sowie die H\u00f6hen der freien Energiebarrieren 
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atomaren Details, sowie die H\u00f6hen der freien Energiebarrieren 
            
39
(oder Aktivierungsenergien), die dem spontanen Austausch 
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(oder Aktivierungsenergien), die dem spontanen Austausch 
            
40
entgegenwirken. Ein QM/MM-Schema mit rein klassischem Wasser erwies 
40
entgegenwirken. Ein QM/MM-Schema mit rein klassischem Wasser erwies 
            
41
sich als effiziente und pr\u00e4zise Kompromissl\u00f6sung.\r\nDie 
41
sich als effiziente und pr\u00e4zise Kompromissl\u00f6sung.\r\nDie 
            
42
Berechnungen ergaben den erwarteten symmetrischen 
42
Berechnungen ergaben den erwarteten symmetrischen 
            
43
Trisulfid-\u00dcbergangszustand und seine Struktur und Energiebarriere 
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Trisulfid-\u00dcbergangszustand und seine Struktur und Energiebarriere 
            
44
waren f\u00fcr die intramolekularen Thiol-Disulfid-Reaktionen in 
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waren f\u00fcr die intramolekularen Thiol-Disulfid-Reaktionen in 
            
45
Modellpeptiden sehr \u00e4hnlich. W\u00e4hrend CXC-Disulfidbindungen 
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Modellpeptiden sehr \u00e4hnlich. W\u00e4hrend CXC-Disulfidbindungen 
            
46
als sterisch ung\u00fcnstig eingestuft wurden, wurde CXXC 
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als sterisch ung\u00fcnstig eingestuft wurden, wurde CXXC 
            
47
gegen\u00fcber l\u00e4ngerfristigen Disulfidbindungen entlang des 
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gegen\u00fcber l\u00e4ngerfristigen Disulfidbindungen entlang des 
            
48
Peptidr\u00fcckgrats bevorzugt, was der hohen H\u00e4ufigkeit von 
48
Peptidr\u00fcckgrats bevorzugt, was der hohen H\u00e4ufigkeit von 
            
49
CXXC-Motiven in Redox-Proteinen entspricht. Eine direkte Anwendung auf 
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CXXC-Motiven in Redox-Proteinen entspricht. Eine direkte Anwendung auf 
            
50
ein reales Protein wurde ebenfalls in Form von Force-Clamp 
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ein reales Protein wurde ebenfalls in Form von Force-Clamp 
            
51
Simulationen durchgef\u00fchrt. Das Protokoll erm\u00f6glichte die 
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Simulationen durchgef\u00fchrt. Das Protokoll erm\u00f6glichte die 
            
52
Simulation der Disulfidbindungsisomerisierung in einem einzelnen 
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Simulation der Disulfidbindungsisomerisierung in einem einzelnen 
            
53
Protein und reproduzierte die in einem AFM-Experiment beobachtete 
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Protein und reproduzierte die in einem AFM-Experiment beobachtete 
            
54
Regioselektivit\u00e4t.\r\nAbstract: In this work two aspects of the 
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Regioselektivit\u00e4t.\r\nAbstract: In this work two aspects of the 
            
55
dynamic nature of proteins are investigated using enhanced sampling 
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dynamic nature of proteins are investigated using enhanced sampling 
            
56
techniques.\r\nFirstly, microsecond molecular dynamics simulations of 
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techniques.\r\nFirstly, microsecond molecular dynamics simulations of 
            
57
harzianin HK VI (HZ) interacting with a dimyristoylphosphatidylcholine 
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harzianin HK VI (HZ) interacting with a dimyristoylphosphatidylcholine 
            
58
bilayer were performed at the condition of low peptide-to-lipid ratio. 
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bilayer were performed at the condition of low peptide-to-lipid ratio. 
            
59
Two orientations of HZ molecule in the bilayer were found and 
59
Two orientations of HZ molecule in the bilayer were found and 
            
60
characterized. In the orientation perpendicular to the bilayer 
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characterized. In the orientation perpendicular to the bilayer 
            
61
surface, HZ induces a local thinning of the bilayer. When inserted 
61
surface, HZ induces a local thinning of the bilayer. When inserted 
            
62
into the bilayer parallel to its surface, HZ is located nearly 
62
into the bilayer parallel to its surface, HZ is located nearly 
            
63
completely within the hydrophobic region of the bilayer. An extended 
63
completely within the hydrophobic region of the bilayer. An extended 
            
64
sampling simulation provided qualitative results and showed the latter 
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sampling simulation provided qualitative results and showed the latter 
            
65
orientation to be a global minimum of free energy.\r\nThe secondary 
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orientation to be a global minimum of free energy.\r\nThe secondary 
            
66
structure of HZ was characterized, and it was found to be located in 
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structure of HZ was characterized, and it was found to be located in 
            
67
the 3_10 -helical family.\r\nSecondly, the thiol\u2013disulfide 
67
the 3_10 -helical family.\r\nSecondly, the thiol\u2013disulfide 
            
68
exchange reaction in model systems and small peptides was investigated 
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exchange reaction in model systems and small peptides was investigated 
            
69
by means of a combined QM/MM metadynamics scheme. The free energy 
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by means of a combined QM/MM metadynamics scheme. The free energy 
            
70
landscapes of these systems were generated, providing the structures 
70
landscapes of these systems were generated, providing the structures 
            
71
of reactants and products with atomic detail, as well as the heights 
71
of reactants and products with atomic detail, as well as the heights 
            
72
of free energy barriers (or, activation energies) opposing the 
72
of free energy barriers (or, activation energies) opposing the 
            
73
spontaneous exchange. A QM/MM scheme with purely classical water 
73
spontaneous exchange. A QM/MM scheme with purely classical water 
            
74
turned out to be an efficient and accurate compromise solution. The 
74
turned out to be an efficient and accurate compromise solution. The 
            
75
calculations yielded the expected symmetric trisulfide transition 
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calculations yielded the expected symmetric trisulfide transition 
            
76
state, and its structure and energy barrier were very similar for the 
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state, and its structure and energy barrier were very similar for the 
            
77
intramolecular thiol\u2013disulfide reactions in model peptides. While 
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intramolecular thiol\u2013disulfide reactions in model peptides. While 
            
78
CXC disulfide bonds were found sterically unfavorable, CXXC were 
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CXC disulfide bonds were found sterically unfavorable, CXXC were 
            
79
favored over longer-range disulfide bonds along the peptide backbone, 
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favored over longer-range disulfide bonds along the peptide backbone, 
            
80
in line with the high abundance of CXXC motifs in redox proteins. A 
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in line with the high abundance of CXXC motifs in redox proteins. A 
            
81
direct application in a real protein was also performed through 
81
direct application in a real protein was also performed through 
            
82
force-clamp simulations. The protocol allowed for simulation of the 
82
force-clamp simulations. The protocol allowed for simulation of the 
            
83
disulfide bond isomerization in a single protein, reproducing the 
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disulfide bond isomerization in a single protein, reproducing the 
            
84
regioselectivity observed in an AFM experiment.\r\nTechnicalRemarks: 
84
regioselectivity observed in an AFM experiment.\r\nTechnicalRemarks: 
            
85
The data is storedd divided into three separate folders, which follow 
85
The data is storedd divided into three separate folders, which follow 
            
86
the structure of the thesis.",
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the structure of the thesis.",
            
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cross-disciplinary repository for archiving and publishing research 
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data from completed scientific studies and projects. The focus is on 
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research data from subjects that do not yet have their own 
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discipline-specific infrastructures for research data management. ",
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