Changes

              
    

          
          
        
        

            
f
1
{
f
1
{
            
2
  "author": "Becker, Moritz",
2
  "author": "Becker, Moritz",
            
3
  "author_email": "",
3
  "author_email": "",
            
4
  "creator_user_id": "17755db4-395a-4b3b-ac09-e8e3484ca700",
4
  "creator_user_id": "17755db4-395a-4b3b-ac09-e8e3484ca700",
            
5
  "doi": "10.35097/1433",
5
  "doi": "10.35097/1433",
            
6
  "doi_date_published": "2023",
6
  "doi_date_published": "2023",
            
7
  "doi_publisher": "",
7
  "doi_publisher": "",
            
8
  "doi_status": "True",
8
  "doi_status": "True",
            
9
  "groups": [],
9
  "groups": [],
            
10
  "id": "536ed090-94fb-4740-9583-0e5050e93c87",
10
  "id": "536ed090-94fb-4740-9583-0e5050e93c87",
            
11
  "isopen": false,
11
  "isopen": false,
            
12
  "license_id": "CC BY-SA 4.0 Attribution-ShareAlike",
12
  "license_id": "CC BY-SA 4.0 Attribution-ShareAlike",
            
13
  "license_title": "CC BY-SA 4.0 Attribution-ShareAlike",
13
  "license_title": "CC BY-SA 4.0 Attribution-ShareAlike",
            
14
  "metadata_created": "2023-08-04T08:50:47.728371",
14
  "metadata_created": "2023-08-04T08:50:47.728371",
            
t
15
  "metadata_modified": "2023-08-04T08:50:47.728377",
t
15
  "metadata_modified": "2023-08-04T08:52:04.171720",
            
16
  "name": "rdr-doi-10-35097-1433",
16
  "name": "rdr-doi-10-35097-1433",
            
17
  "notes": "TechnicalRemarks: # RandomShimDB: A subset of the NMR 
17
  "notes": "TechnicalRemarks: # RandomShimDB: A subset of the NMR 
            
18
magnet shimming database ShimDB\r\n\r\nRandomShimDB is a subset of the 
18
magnet shimming database ShimDB\r\n\r\nRandomShimDB is a subset of the 
            
19
NMR magnet shimming database 
19
NMR magnet shimming database 
            
20
[ShimDB](https://github.com/mobecks/ShimDB) and contains over 15000 
20
[ShimDB](https://github.com/mobecks/ShimDB) and contains over 15000 
            
21
instances. Data is aquired on a Spinsolve 80 Carbon spectrometer 
21
instances. Data is aquired on a Spinsolve 80 Carbon spectrometer 
            
22
(Magritek GmbH, Aachen, Germany, www.magritek.com) on 5%vv H2O in D2O 
22
(Magritek GmbH, Aachen, Germany, www.magritek.com) on 5%vv H2O in D2O 
            
23
and a water solution with CuSO4 (5mmol/L). \r\n\r\nRandomShimDB is 
23
and a water solution with CuSO4 (5mmol/L). \r\n\r\nRandomShimDB is 
            
24
part of \"Acquisitions with random shim values enhances AI-driven NMR 
24
part of \"Acquisitions with random shim values enhances AI-driven NMR 
            
25
shimming\" by M. Becker et al. [1].\r\n\r\nThe acquisition procedure 
25
shimming\" by M. Becker et al. [1].\r\n\r\nThe acquisition procedure 
            
26
was as follows. The manufacturer's automated shimming technique, based 
26
was as follows. The manufacturer's automated shimming technique, based 
            
27
on the downhill simplex method, was used to obtain a reference 
27
on the downhill simplex method, was used to obtain a reference 
            
28
spectrum. Then, the shims X, Y, Z and Z2 were varied. The dataset 
28
spectrum. Then, the shims X, Y, Z and Z2 were varied. The dataset 
            
29
parameters were obtained by relative offsets from the reference shim 
29
parameters were obtained by relative offsets from the reference shim 
            
30
values in a range R with weighting W, following Gaussian noise 
30
values in a range R with weighting W, following Gaussian noise 
            
31
sampling. For each combination, the raw FID, acquisition parameters, 
31
sampling. For each combination, the raw FID, acquisition parameters, 
            
32
and the shim values were stored. \r\n\r\n| Topic                  | 
32
and the shim values were stored. \r\n\r\n| Topic                  | 
            
33
Parameter        | Value                 
33
Parameter        | Value                 
            
34
---------------------|------------------|-----------------------|\r\n| 
34
---------------------|------------------|-----------------------|\r\n| 
            
35
Dataset parameters     | Shims            | X,Y,Z,Z2              
35
Dataset parameters     | Shims            | X,Y,Z,Z2              
            
36
|\r\n|                        | Weightings W     | [1.2, 1.0, 2.0, 
36
|\r\n|                        | Weightings W     | [1.2, 1.0, 2.0, 
            
37
18.0] |\r\n|                        | Shim range R     | +/- 50                
37
18.0] |\r\n|                        | Shim range R     | +/- 50                
            
38
|\r\n|                        | Sample I         | H2O+CuSO4             
38
|\r\n|                        | Sample I         | H2O+CuSO4             
            
39
|\r\n|                        | Sample II        | 5vol% H2O in D2O      
39
|\r\n|                        | Sample II        | 5vol% H2O in D2O      
            
40
|\r\n|                        | Nr. spectra      | {5000,10000}          
40
|\r\n|                        | Nr. spectra      | {5000,10000}          
            
41
|\r\n| Acquisition parameters | Nucleus          | 1H                    
41
|\r\n| Acquisition parameters | Nucleus          | 1H                    
            
42
|\r\n|                        | Bandwidth        | 5 kHz                 
42
|\r\n|                        | Bandwidth        | 5 kHz                 
            
43
|\r\n|                        | Points           | 32768                 
43
|\r\n|                        | Points           | 32768                 
            
44
|\r\n|                        | Repetition time  | 2000 ms               
44
|\r\n|                        | Repetition time  | 2000 ms               
            
45
|\r\n|                        | Phase correction | phi_0                 
45
|\r\n|                        | Phase correction | phi_0                 
            
46
|    \r\n       \r\n**We strongly encourage researchers to extend 
46
|    \r\n       \r\n**We strongly encourage researchers to extend 
            
47
ShimDB with their own subsets to stimulate developments. We offer to 
47
ShimDB with their own subsets to stimulate developments. We offer to 
            
48
include raw data or links to your publications into 
48
include raw data or links to your publications into 
            
49
ShimDB.**\r\n\r\n\r\n## Files format\r\n\r\nEach folder in 
49
ShimDB.**\r\n\r\n\r\n## Files format\r\n\r\nEach folder in 
            
50
RandomShimDB contains the following files: \r\n- data.1d -> the raw 
50
RandomShimDB contains the following files: \r\n- data.1d -> the raw 
            
51
FID.\r\n- shims.par -> Shim values, where only linear shims are 
51
FID.\r\n- shims.par -> Shim values, where only linear shims are 
            
52
non-zero.\r\n- acqu.par -> Acquisition parameters.\r\n- proc.par -> 
52
non-zero.\r\n- acqu.par -> Acquisition parameters.\r\n- proc.par -> 
            
53
Processing parameters.\r\n\r\nThe RandomShimDB root folder also 
53
Processing parameters.\r\n\r\nThe RandomShimDB root folder also 
            
54
contains the reference starting shims 
54
contains the reference starting shims 
            
55
(ReferenceShims.par).\r\n\r\n\r\n## Data loading\r\n\r\nWe deliver a 
55
(ReferenceShims.par).\r\n\r\n\r\n## Data loading\r\n\r\nWe deliver a 
            
56
python script ```utils_IO.py``` alongside 
56
python script ```utils_IO.py``` alongside 
            
57
[ShimDB](https://github.com/mobecks/ShimDB) to easily load the 
57
[ShimDB](https://github.com/mobecks/ShimDB) to easily load the 
            
58
database into numpy array structure using the [nmrglue 
58
database into numpy array structure using the [nmrglue 
            
59
packages](https://github.com/jjhelmus/nmrglue)[2].\r\n\r\nThe 
59
packages](https://github.com/jjhelmus/nmrglue)[2].\r\n\r\nThe 
            
60
following python libraries and packages are required: os, numpy, glob, 
60
following python libraries and packages are required: os, numpy, glob, 
            
61
nmrglue (>= v0.9.dev0)\r\n\r\n\r\n# References\r\n\r\n[1] M. Becker, 
61
nmrglue (>= v0.9.dev0)\r\n\r\n\r\n# References\r\n\r\n[1] M. Becker, 
            
62
S. Lehmkuhl, S. Kesselheim, J. G. Korvink, and M. Jouda, 
62
S. Lehmkuhl, S. Kesselheim, J. G. Korvink, and M. Jouda, 
            
63
\u201cAcquisitions with random shim values enhance AI-driven NMR 
63
\u201cAcquisitions with random shim values enhance AI-driven NMR 
            
64
shimming,\u201d J. Magn. Reson., p. 107323, 2022, doi: 
64
shimming,\u201d J. Magn. Reson., p. 107323, 2022, doi: 
            
65
https://doi.org/10.1016/j.jmr.2022.107323.\r\n\r\n[2] J. J. Helmus and 
65
https://doi.org/10.1016/j.jmr.2022.107323.\r\n\r\n[2] J. J. Helmus and 
            
66
C. P. Jaroniec, \u201cNmrglue: An open source Python package for the 
66
C. P. Jaroniec, \u201cNmrglue: An open source Python package for the 
            
67
analysis of multidimensional NMR data,\u201d J. Biomol. NMR, vol. 55, 
67
analysis of multidimensional NMR data,\u201d J. Biomol. NMR, vol. 55, 
            
68
no. 4, pp. 355\u2013367, 2013, doi: 
68
no. 4, pp. 355\u2013367, 2013, doi: 
            
69
https://doi.org/10.1007/s10858-013-9718-x.",
69
https://doi.org/10.1007/s10858-013-9718-x.",
            
70
  "num_resources": 0,
70
  "num_resources": 0,
            
71
  "num_tags": 0,
71
  "num_tags": 0,
            
72
  "orcid": "0000-0002-0501-9849",
72
  "orcid": "0000-0002-0501-9849",
            
73
  "organization": {
73
  "organization": {
            
74
    "approval_status": "approved",
74
    "approval_status": "approved",
            
75
    "created": "2023-01-12T13:30:23.238233",
75
    "created": "2023-01-12T13:30:23.238233",
            
76
    "description": "RADAR (Research Data Repository) is a 
76
    "description": "RADAR (Research Data Repository) is a 
            
77
cross-disciplinary repository for archiving and publishing research 
77
cross-disciplinary repository for archiving and publishing research 
            
78
data from completed scientific studies and projects. The focus is on 
78
data from completed scientific studies and projects. The focus is on 
            
79
research data from subjects that do not yet have their own 
79
research data from subjects that do not yet have their own 
            
80
discipline-specific infrastructures for research data management. ",
80
discipline-specific infrastructures for research data management. ",
            
81
    "id": "013c89a9-383c-4200-8baa-0f78bf1d91f9",
81
    "id": "013c89a9-383c-4200-8baa-0f78bf1d91f9",
            
82
    "image_url": "radar-logo.svg",
82
    "image_url": "radar-logo.svg",
            
83
    "is_organization": true,
83
    "is_organization": true,
            
84
    "name": "radar",
84
    "name": "radar",
            
85
    "state": "active",
85
    "state": "active",
            
86
    "title": "RADAR",
86
    "title": "RADAR",
            
87
    "type": "organization"
87
    "type": "organization"
            
88
  },
88
  },
            
89
  "owner_org": "013c89a9-383c-4200-8baa-0f78bf1d91f9",
89
  "owner_org": "013c89a9-383c-4200-8baa-0f78bf1d91f9",
            
90
  "private": false,
90
  "private": false,
            
91
  "production_year": "2022",
91
  "production_year": "2022",
            
92
  "publication_year": "2023",
92
  "publication_year": "2023",
            
93
  "publishers": [
93
  "publishers": [
            
94
    {
94
    {
            
95
      "publisher": "Karlsruhe Institute of Technology"
95
      "publisher": "Karlsruhe Institute of Technology"
            
96
    }
96
    }
            
97
  ],
97
  ],
            
98
  "relationships_as_object": [],
98
  "relationships_as_object": [],
            
99
  "relationships_as_subject": [],
99
  "relationships_as_subject": [],
            
100
  "repository_name": "RADAR (Research Data Repository)",
100
  "repository_name": "RADAR (Research Data Repository)",
            
101
  "resources": [],
101
  "resources": [],
            
102
  "services_used_list": "",
102
  "services_used_list": "",
            
103
  "source_metadata_created": "2023",
103
  "source_metadata_created": "2023",
            
104
  "source_metadata_modified": "",
104
  "source_metadata_modified": "",
            
105
  "state": "active",
105
  "state": "active",
            
106
  "subject_areas": [
106
  "subject_areas": [
            
107
    {
107
    {
            
108
      "subject_area_additional": "",
108
      "subject_area_additional": "",
            
109
      "subject_area_name": "Engineering"
109
      "subject_area_name": "Engineering"
            
110
    }
110
    }
            
111
  ],
111
  ],
            
112
  "tags": [],
112
  "tags": [],
            
113
  "title": "Randomshimdb: a subset of the nmr magnet shimming database 
113
  "title": "Randomshimdb: a subset of the nmr magnet shimming database 
            
114
shimdb",
114
shimdb",
            
115
  "type": "vdataset",
115
  "type": "vdataset",
            
116
  "url": "https://doi.org/10.35097/1433"
116
  "url": "https://doi.org/10.35097/1433"
            
117
}
117
}